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MathType中打~符号显示时方框，显然是字体的问题，上网查了一下，解决方案如下：
在打开MathType 6.0时，有时会提示MathType需要安装一个较新版本的MT Extra(TrueType)字体，这是因为你的系统没有MT Extra(TrueType)字体，或此字体的版本太低，缺少某些符号。
解决方法：打开C:/WINDOWS/Fonts，若里面有MT Extra(TrueType)字体或其快捷方式，则将其删除，再把MathType安装目录下/MathType 6.0/Fonts/TrueType/目录里面的MTEXTRA.TTF字体文件复制粘贴到C:/WINDOWS/Fonts文件夹中（粘贴时会有安装字体提示），完成字体完装。
参考：http://hi.baidu.com/wcwh/blog/item/29845c602ec5a9d88cb10d4e.html