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转自：知识图谱科技

这是一个与任务无关的框架，它将知识图谱（KG）的显性知识与大型语言模型（LLM）的隐含知识结合起来。这是该工作的arXiv预印本 https://arxiv.org/abs/2311.17330 。

我们在这里利用一个名为SPOKE(https://spoke.ucsf.edu/)的大规模生物医学知识图谱作为生物医学背景的提供者。SPOKE已经整合了来自不同领域的40多个生物医学知识库，每个知识库都专注于生物医学概念，如基因、蛋白质、药物、化合物、疾病及其相关连接。

SPOKE由21种不同类型的超过2700万个节点和55种类型的5300万条边组成（https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btad080）。

KG-RAG的主要特点是从SPOKE KG中提取“提示感知上下文”，其定义为：足以回答用户提示的最小上下文。

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因此，这个框架通过从生物医学KG中获得的优化领域特定的“提示感知上下文”，赋予了一个通用型的LLM更强大的功能。

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询问 GPT-4 关于上述药物：

没有KG-RAG

注意：此示例是使用KG-RAG v0.3.0运行的。我们是通过终端来启动GPT，而不是通过chatGPT浏览器。分析中的温度参数设置为0。参考此yaml文件进行参数设置，包括KG-RAG。

有KG-RAG

注意：此示例是使用KG-RAG v0.3.0运行的。分析过程中，温度参数设置为0。有关参数设置，请参阅此yaml文件。

Step 4: 更新config.yaml

注意：还有另一个名为system_prompts.yaml的yaml文件。它已经填充好，并保存了KG-RAG框架中使用的所有系统提示。

设置脚本以交互方式运行。

运行设置脚本将：

1.为KG-RAG创建疾病向量数据库

2.在您的机器上下载Llama模型（可选，您可以跳过此步骤，完全没有问题）

你可以使用GPT和Llama模型来运行KG-RAG。

示例：注意：以下示例在AWS p3.8xlarge EC2实例上运行，并使用KG-RAG v0.3.0。

用GPT的交互模式

示例

注意：以下示例是在AWS p3.8xlarge EC2实例上运行，并使用KG-RAG v0.3.0。

用Llama交互模式

SPOKE KG可以通过以下链接访问：

https://spoke.rbvi.ucsf.edu/neighborhood.html。也可以使用REST-API访问

（https://spoke.rbvi.ucsf.edu/swagger/）。

KG-RAG代码可在

https://github.com/BaranziniLab/KG_RAG 下载。本研究中使用的生物医学数据集（一跳问题、两跳问题、真假问题、多选题问题、药物重新定位问题、SPOKE KG中的疾病上下文）可供研究界使用，位于同一GitHub存储库中。

原文 - [2311.17330] Biomedical knowledge graph-enhanced prompt generation for large language models (arxiv.org)zhu